虽然短暂地平息了水患，但终究不是长久直接，十年之后，水患再度爆发，而且比之前的还要凶猛，人族一时间，损失惨重，而鲧也因此被帝舜给斩首示众。
鲧死后，尸体中诞生一婴儿，为乾坤道人的弟子燃灯道人所救，燃灯将禹交由鲧的妻子抚养，而禹在知晓自己父亲之事后，决心为父一雪前耻，平定水患，于是东奔西走，寻找治水良策。
三十岁时，禹在涂山遇见了涂山氏之女女娇，一见钟情，而后禹与女娇步入了婚姻的殿堂，女娇的本家是东夷强大的涂山氏，那时涂山氏尚处于母系制后期，禹只能做上门女婿，“夫从妇居”。
虽说如此，但禹得到了东夷的强大支持，从此有了立业之基，此刻，禹与女娇夫妻之间正处于甜蜜的时光，好不欢喜，帝舜命人打探禹的事迹，之后不断有人回报，帝舜也越来越放心。
不过帝舜心中还是有些疑惑，便召来诸位大臣，问道：“上次诸位推举禹作为治水之人，本帝仔细思考一番，觉得此事可行。不过，本帝却从未听过鲧有子嗣，不知是何原因？”
手下有人出列，小心翼翼说道：“传说禹并非鲧的妻子女志所生，而是鲧死后剖腹而得，如今有共主老师之师兄多宝道人教导。”帝舜听了，顿时一愣，转而脸色有些白，半响说不出话来，过了片刻，有些惊讶的问道：“真有如此诡异之事？”
这时，又有一人出列道：“共主不必惊讶，想我人族此类之事也有不少，天皇伏羲乃是母后华胥氏踩雷泽巨印而孕，地皇神农氏则是母后任姒见神龙而孕，这禹生有异象，岂不印证此子不凡？”帝舜听了，确实如此，便放下心来，于是下诏，命禹前来见驾！
禹正当新婚燕尔之时，却突然接到帝舜旨意，于是夫妻间依依不舍的告别，禹从此踏上了治水之路，临行前，禹特意去见了一次老师燃灯道人，当时，燃灯笑了笑，从身上拿出一卷竹简，递给大禹，然后说道：“此乃你父亲的遗物，如今子承父业，该是由你接手的时候。此次尽管去治水，我会在后相助与你。”
而燃灯也并非没有准备，又取出二物交到大禹手中，说道：“此二物乃是为师特意为你所炼，斧名开山，可用来疏通河道，引水归位，棍名定海神针，可用来探查水位，平定大海，望你好生运用。”
大禹在那卷竹简上见到了父亲所遗留的治水心得，结合自己的感悟，得出了‘堵不如疏’的治水名言，于是便起程前往人族都城，朝见人族共主舜。
都城之中，大禹在见到舜之后，便提出了堵不如疏的治水之法，舜听完大禹的治水之法，大觉可行，当即封大禹为时空，主理治水一事，大禹自然不会退缩，便领下了此职。
禹自得到人皇任命之后，立即与益和后稷一起，召集天下百姓前来协助，他视察河道，并检讨鲧失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。
他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。
他与涂山氏女名女娇新婚不久，就离开妻子，重又踏上治水的道路，后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬着牙没有进家门，第三次经过的时候，他的儿子启正抱在母亲怀里，他已经懂得叫父亲，挥动小手，和禹打招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。
而在开山凿道的过程中，自然引起了山林之中一些妖族的袭击，大禹无奈，只能求助于老师多宝道人，于是多宝道人领着截教弟子斩杀驱逐这些妖族，方保大禹治水顺顺利利。
经过十三年的努力，他们开辟了无数的山，疏浚了无数的河，修筑了无数的堤坝，使天下的河川都流向大海，终于治水成功，根治了水患，刚退去洪水的土地过于潮湿，禹让益给民众种籽，教他们种水稻。
而没了无支祁，大禹的治水也变得极为顺利，而有着燃灯这位龙皇身边的朋友在，也没有水族赶来找事，数年下来，大禹为了治水，开通了九条山脉的道路，疏导了九条大河，最终将大水引入了大海之中。
大禹治水成功之后，在人族自然有了极大的声望，甚至超越了当今人族共主舜，一时间，舜对大禹忌惮不已，正如当初禹的父亲鲧治水成功一般，所以在水患再度爆发之后，舜便借机杀了鲧。