首先，白叶将自己拯救回来的那十五名精锐忍者，组成一个新的部门，名为训练部，由白叶亲自掌握。
这十五人在接受白叶的训练之后，开始作为战斗部队的小首领，负责训练其他忍者。在训练的过程中，这些忍者在根部的地位也随之水涨船高。白叶借此提升了自己对根部的掌控力。
完成战斗部门的整改之后，白叶紧接着就对后勤部门进行了整编。
后勤部门是根部最为混杂的部门，各大家族乃到火影都在这里安插了人手，可谓鱼龙混杂，利益交织，任何改革都很难推进得下去。
团藏在位时，也对后勤部门没有太多的办法，只能让取根亲自管理，以震慑这些势力。
然而，三色麻雀的存在，却让白叶有了整编后勤部的绝佳借口。
每只麻雀都拥有施展飞雷神之术的能力，哪怕身在千里之外，也可以通过飞雷神之术瞬间回到根部基地。
如此一来，忍者在执行任务时，一些不方便携带的物资便可以存放在根部，在需要时直接通过飞鸟远程传送。同时，忍者在任务中获得的重要情报，也可以实时传送回根部基地。
在这种状况下，根部基地的改革就变得势在必行。任何人想要反对，都等于逆势而动，将受千夫所指。白叶以此为由，在后勤部内专设一局，负责调运物资以及收集情报，隔三差五便对后勤部的仓库进行调查，数额稍有不对，便以渎职论罪。
这一番动作下来，后勤部的那帮家伙整天提心吊胆，权力也被大大分散，再不能像以前那样把控物资采购与分配的大权了。
在收拾后勤部的同时，白叶还对根部的情报部门和研究院也进行了调整。
在白叶看来，情报部门和研究院是根部最优秀的两个部门。研究院的种种研究成果完全不亚于大蛇丸，而情报部门则在各国内部都埋有棋子，每天都有源源不断的绝密信息传递到根部基地。
不过，为了充分发挥飞雷神的优势，白叶对这两个部门进行了微调。
他扩充了情报部门内的分析局，并选了一个空旷的巨型会议室作为分析局的办公室，亲自在里面布置了一座庞大的法阵。
这个法阵运用了超兽伪画的原理，能直接把麻雀的视角投影到卷轴之上，再由情报分析部门进行记录，以评定忍者在任务中的表现。
不仅如此，白叶还直接从研究院和其他文职部门里抽调人手，填充到情报分析局内，负责维护阵法的运转。并在研究院中专门设立了一个课题组，负责优化并改进图象评判标准。
为了激励根部底层的战斗忍者，白叶还特地制定了评分制度。由情报分析部进行打分，任何忍者累计评分达到一千，白叶便会激活其麻雀体内的空间坐标，使其能直接向白叶本人呼救。
一旦遭遇致命危险，白叶便可用飞雷神赶赴战场。如果他实在抽不开身，也可以通灵出龙地洞的蛇族赶往解救。
在白叶这番改编下，根部形态变得和以前完全不一样，形成了以超兽麻雀为联系枢纽，和部门深度交融的一个整体。
而白叶自己，就是这个整体名副其实的核心。与团藏不同，白叶作为根部的核心，是从物理层面而言的，没有了白叶，根部的这套体系直接就得瘫痪。
经历如此天翻地覆的变化，现在哪怕是团藏复生，只怕也认不出根部的模样了。