事实首辅的确定，让朱由检轻松了许多，不再为很多小事烦心。
这让他有更多的时间，关注其它问题。
事实上，这些日子他躲在后宫也并没有闲着，除了和田妃一起改造乐器外，还对御马监的勇士四卫营，做出重大改变。
最大的变化，就是勇士四卫营被他拆分成勇士营和四卫营。
勇士营主要是武道大会上的优胜者，作为将领和精锐士卒培训。朱由检对这些人很重视，还安排人教导不识字的人学字，让他们他们去武学学习。
只要证明有带兵的能力，朱由检以后都会把他们派出去，作为自己的嫡系，分散在大明各军。可以说勇士营的一个作用，相当于后世的教导营。
另一个作用，则是安排不擅长领兵的高手。他们没有能力带兵，会作为类似特种兵的精锐士卒，负责安全保卫工作、执行特殊任务。
四卫营的士兵，全部从腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫四卫中选取，作为自己的亲兵，负责皇宫守卫。士兵以步兵和车兵为主，主要练习构筑工事防御。
除此之外，朱由检还打算从勇士营和四卫营挑选将士，加上从各地卫所挑选的精锐，组成一个勇卫营。
这支兵马，会以骑兵为主。步兵也都要会骑马，以后配上马匹，成为以火铳为主要兵器的骑马步兵。作为高机动兵马，负责外出作战。
勇士营、勇卫营、四卫营，成为御马监麾下，最主要的兵力。
同时，因为御马监由太监统领，对外说是御马监兵马让一些将领不太喜欢。朱由检把三个营统称为御营，让他们自称御营兵马。向三个营派遣的宦官，也都挂上监军和监军使的名义，职责等同护军校尉。
对于三个营的将领，朱由检更是赐下令牌，让他们能出入宫禁。让他们和皇帝的关系更亲近，也淡化了被太监统领的意味。
作为武道大会的胜利者，姬际可这个天下第一勇士统领勇士营。他的职位是朱由检许诺的佐击将军，加正五品千户衔。
勇卫营由周遇吉统领，目前职位是参将，加正四品指挥佥事衔。
四卫营统领黄得功，和周遇吉职衔相同。两人一同进入勇士四卫营，如今各领一营兵力。
经过半个月的调整，勇士营和四卫营已经设立，勇卫营参将周遇吉更是已前往九边，挑选卫所精锐。
五月二十日，夏至祭地之后，朱由检召集勇士营将士，在内教场集训。
同之前训练巡捕营一样，朱由检主要训练的是队列，训练他们的服从精神。
为了打压这些人的傲气，朱由检做了许多准备。还让卫尉寺卿刘侨把分散下去的巡捕营士兵召回了一些，让有志从军的士兵，重新加入军队。
这些人有的留在巡捕总队，有的被朱由检派去新军作为基层军官，帮助已经挑选好士兵的徐光启，训练新军队列。
在训练勇士营将士前，朱由检让巡捕营士兵，开展了一场演练。
这场演练，是朱由检早就吩咐下去的。卫尉寺卿刘侨，前些日子主要就是忙这些事。
他在前段时间因为《清明上河图》吃挂落后，对皇帝的要求丝毫不敢怠慢。在皇帝要求他召集参加过训练的巡捕营士兵演练鸳鸯阵后，他通过各种渠道请来戚家军老兵，按照皇帝的要求，练成几个鸳鸯阵。
如今就是按皇帝的要求，演练给勇士营将士观看。
鸳鸯阵大名鼎鼎，是一种非常精妙的战法。它的要点在于盾牌、狼筅和长枪的配合：以盾牌防御敌人兵器，以狼筅占据战场空间，以长枪杀伤敌人兵力。
（《纪效新书》十四卷本鸳鸯阵图）
戚继光创立鸳鸯阵后，“数年屡战，一切号令行伍，俱如图款，毫不更易，是以每战必全捷，而我兵不损”。经常给倭寇大量杀伤，自己的损失则寥寥无几。