把天灾的原因归咎于泰西人对美洲原住民的灭绝，是因为朱由检必须为接下来发生的天灾找出原因。
在儒家的天人感应理论中，天意与人事是交感相应的。天子如果违背了天意，上天就会降下灾异进行谴责和警告。
所以灾异出现后，天子要负责任。
这种理论在朱由检看来很扯淡，但是儒家士子却紧抱着不放，以此约束君王——
董仲舒的《春秋繁露》，更是把灾异说发扬光大。这种学说在两汉极为盛行，以至于天子不得不找大臣背锅，让他们一起担责任。
因为天子背锅变成大臣背锅，天人感应学说在两汉之后已经不再那么盛行。但是人间出现灾荒，仍旧会有人归罪天子。
历史上崇祯皇帝下了六次罪己诏，其中有一次是专门因为天灾，还有三次包含天灾的原因。
鉴于接下来几十年天灾实在太严重，朱由检不想频繁下罪己诏，就必须要找个解释，把天灾归罪于他人。
所以，被后世一些科学家推测的小冰期有关的美洲原住民大灭绝，就这样被他找了出来。以太祖成祖托梦的名义，提前告知群臣——
让天下人知道以后出现天灾，是泰西人杀戮过重的原因，不能怪自己这个天子、逼自己下罪己诏。
群臣不知道皇帝的这个考虑，很多人仍旧有些不信。但是让他们否认皇帝的说法，同样也很困难。因为之前给紫阁功臣封城隍，他们已默认了太祖成祖托梦之事为真、天子有册封神灵的权力。
现在如果否定皇帝的说法，就得把之前封城隍的事情否定。很多臣子对此，都是非常不乐意——
毕竟城隍庙可以有城隍后人当祭司，能够让被封神的臣子后裔有世业。对于不信神的臣子来说，也是肉眼可见的利益。
这种给后代谋福利的事情，怎么能推出去呢？
再加上册封城隍木已成舟，京城很多人都在祭拜，他们就是想反悔，也没有了机会。
所以群臣对皇帝的说法大多保持沉默，不出言表示支持，但也不会反对。
这样就给了温体仁等依附皇帝的臣子发挥的机会，他们积极发言，似乎就代表了沉默的大多数，朝堂上充斥着他们的声音。
尤其是温体仁，因为之前曾打算向徐光启学习西学，推出自己的学问。
在皇帝安排张溥向徐光启学习、并且推出科学后，温体仁知道自己的这个想法是破灭了。不过因为曾经的想法，他仍旧可以说是朝堂上最了解泰西人的大臣之一。
通过对这些人秉性的分析，温体仁认为泰西人畏威而不怀德，和周边蛮夷无异。
他的这个解释，很容易让朝堂上的儒家大臣接受。因为在他们的观念中，除了大明之外，其他异族都是蛮夷。
这些臣子对泰西人或许不怎么了解，但是批判起蛮夷，那是滔滔不绝。甚至还有人提到了沈纮在南京禁天主教的事情，应该禁绝泰西人传教。
不过这件事情，遭到徐光启的激烈反对。作为天主教徒的徐光启，当然不愿意再一次发生教案。
那些东林党和倾向东林党的臣子，因为沈纮是魏忠贤的老师，大多厌恶此人。对沈纮的禁教措施，同样也不支持。
所以禁止天主教的政策，并没有被推行。
朱由检也不想彻底禁教、打断东西文化交流，所以只是应一些臣子的要求，让太常寺制定更严厉的措施，限制天主教传播。
徐光启身为教徒，对此当然不满意。面对他的反对，朱由检道：
“徐卿可知泰西那边除了罗马教廷的天主教，还有几个教派？”
徐光启对此不大了解，因为利玛窦等人都是天主教耶稣会教士，他们当然不会宣扬其他教派。
朱由检用自己了解的一些知识，向徐光启道：
“泰西的天主教，属于信仰基督的一支，可以看做基督教的一个教派。”
“以罗马教廷为首的天主教，可以称为罗马公教。”
“除此之外，还有欧洲东部的罗刹人信仰的东正教，和天主教差异很大，两者早已分开。”
“近几十年，又有马丁·路德等人创立了新教派，可以称为新教。”
“新教和罗马公教水火不容，甚至发生大战。”
“据朕所知，泰西那边分别支持新教和天主教的国家，已经打了十年。未来还可能打几十年，直到打不下去。”
“徐学士，你觉得新教的人，在知道耶稣会在大明传教后，会不会同样派传教士？”
“如果他们在大明蛊惑了一些人，再和耶稣会起纷争。难道放任两个教派的信徒，在大明打宗教战争？”
这些东西，徐光启都是第一次听说。他不知道皇帝说的是真是假，但是从皇帝说的人名、事迹来看，似乎不像假的。毕竟新教和罗马公教真的打起来的话，从欧洲过来的泰西人不会不知道，马丁·路德这个名字，似乎也很好打探。
所以面对皇帝的质问，他只能保持沉默。甚至心里面还想到皇帝所说的传教士作为先导、对美洲原住民灭绝的事情，这让他的信仰受到很大冲击，一时头脑混乱，不知道要说什么。
其他臣子听到皇帝说欧洲正在打宗教战争，对此纷纷不理解。实在是因为中国古代历史上虽然有一些战争存在宗教因素，却并没有严格意义上的宗教战争，不会因为信仰不同就打起来。
他们对于此事感到很是奇怪，一些人觉得蛮夷就是蛮夷，不能当正常人看待。同时他们对天主教产生了警惕，开始倾向禁教，免得大明子民信教的人数多了，发生宗教战争。
对此，朱由检考虑之后，说道：
“除了耶稣会外，基督教其它教派，不得在大明传播。”
“若有耶稣会之外的基督教传教士来大明传教，耶稣会和其它佛道教派，皆有责任检举。”
通过给耶稣会传教特权，让他们对付基督教其它教派。
毕竟在朱由检看来，耶稣会的传教士还是有些作用的，他们带来了很多西方科学知识，给大明的思想文化带来很大冲击。从一些方面来说，他们是有积极作用的。
而且耶稣会的教义，和其它基督教派差异很大。甚至派他们来大明传教的罗马教廷，都不见得能接受他们的教义——