崇祯朝堪称内外交困，对外与建奴征战不断，势力已经延伸到蒙古的建奴甚至多次叩关而入。
对内则是农民起义不断，尤以李自成、张献忠为最。
而崇祯年间的战争，主要便是围绕建奴和农民军展开的。
皇太极继位之后，建奴便开始向蒙古扩张，并最终于崇祯五年攻陷归化城。
林丹汗被迫逃至大草滩，其子额哲于崇祯八年降清，漠南至此落入清军手中。
皇太极开始从东北到正北对明朝边关形成全面威胁。
崇祯二年十月，皇太极率军号称10万，避开宁远、锦州，兵分三路分别从龙井关、洪山口、大安口突入关内，攻占遵化，直逼京师。
明廷慌忙之下急令各路兵马勤王，袁崇焕统领各路援军，阻建奴于广渠、德胜等门外。
可建奴凶猛，斩明军副总兵申甫以下约7000人，继而击败明援军4万于永定门外，明总兵满桂，孙祖寿战死。
崇祯三年初，皇太极向东进攻，连克数城，分兵驻守遵化、滦州、永平、迁安，自己则亲率主力返回沈阳。
崇祯七年七月，皇太极二次西征察哈尔回师途中，以明边将扰其境、杀其民、匿逃人为名，入上方堡，进围宣府。
宣府守兵发炮击之，乃退走应州，兵掠大同，攻陷得胜堡，京师震动，诏令总兵陈洪范守居庸，巡抚丁魁楚等守紫荆，雁门。
而在河南已经包围了高迎祥、李自成、张献忠等人的曹文诏也被调往大同，流寇趁机突围。
崇祯八年，多尔衮、萨哈璘、豪格等率领建奴进犯林丹汗所在的河套地区，迫使林丹汗之子额哲降清，同时在太原府所属的忻州、定襄、五台等州大肆劫掠。
崇祯九年五月，皇太极派多罗武英郡王阿济格等统八旗兵十万，兵分三路分别从吸风口、独石口入关。
巡关御史王肇坤拒战，兵败而死，明军退保昌平，清兵再侵居庸、昌平北路。
七月，清兵入京畿，攻陷昌平后，又相继攻下良乡、围攻顺义、。
明顺义知县上官荩与游击治国器，都指挥苏时雨等拒城守，城池陷落后，三人均殉国。清军乘势，又攻下宝坻、定兴、安肃、大城、雄县、安州等近畿州县。
崇祯十一年，清军以多尔衮、岳托为主将，绕道蒙古，从密云东面的墙子岭、喜峰口东面的青山口，突破长城要塞。
他们沿着运河往南直到济南，俘获了人畜46万。明廷急调辽东前锋总兵祖大寿入援。卢象升拼死奋战，弹尽粮绝，最后阵亡，史称“戊寅虏变”。
时高起潜拥关、宁重兵近在五十里外的鸡泽，却不赴援，听闻卢象升兵败身死后，竟率军东逃二十里，遇敌伏军大溃，仅只身逃逸。
自请督察军情的枢辅刘宇亮至保定听闻前线战败，也仓皇退入晋州，而清军即乘胜长驱直入，分陷昌平、宝坻、平谷等地，京师震动。
二十日，崇祯帝下诏徵总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭率军入卫。
崇祯十三年，皇太极采取围点打援的策略，将锦州城围的水泄不通，祖大寿连忙向朝廷告急，朝廷令洪承畴率领步骑十八万救援锦州，大军会兵于宁远，解锦州之围。
然而，由于朝廷盲目催战、监军胡乱插手、战略指挥失误、将官畏死怯战等原因，明军最终溃败。
松山城最终于崇祯十五年二月十八日陷落，而锦州也于三月八日被攻占。
此役总兵兵邱民仰、王廷臣、曹变蛟被杀，洪承畴、祖大乐兵败被俘，副将吕品奇率部不战而降。
崇祯十五年四月，清军以阿巴泰为奉命大将军，从黄崖关出击，进入蓟州，总兵白广恩领兵拒敌，阵斩清军三等轻车都尉斋萨穆。